في ظل الهجوم المستمر من قبل مخلوقات وحشية تسمى الملائكة والتي تسعى إلى القضاء على البشرية، تقدم وكالة الأمم المتحدة الخاصة NERV طيارين جديدين من إيفا للمساعدة في الدفاع عن مدينة طوكيو-3: ماكينامي ماري إلوستروس الغامض وأسكا لانجلي شيكينامي المكثفة. في هذه الأثناء، يشرع غيندو إيكاري وسيلي في مشروع سري يضم كلًا من ريه وشينجي.