بعد الاصطدام الثاني، تعرضت طوكيو-3 للهجوم من قبل وحوش عملاقة تسمى الملائكة والتي تسعى إلى القضاء على البشرية. هدف الطفل شينجي هو محاربة الملائكة من خلال قيادة إحدى وحدات ميكا إيفانجيليون الغامضة. طبعة جديدة للحلقات الست الأولى من سلسلة الرسوم المتحركة الشهيرة لعام 1996 من GAINAX. تمت إعادة تسمية الفيلم إلى “Evangelion: 1.01″ لإصدار DVD الخاص به و”Evangelion: 1.11” لإصدار يحتوي على مشاهد إضافية.