بعد مرور عشر سنوات على المعركة الاحتفالية، يتوجه صبي مراهق يُدعى جوداي يوكي (جادين يوكي) للانضمام إلى أكاديمية المبارزة (أكاديمية المبارزة) الواقعة على جزيرة نائية قبالة سواحل اليابان. هناك يلتقي بزملائه الطلاب ويكتسب عددًا قليلاً من الأصدقاء بالإضافة إلى عدد قليل من الأعداء. تم وضع Judai في أدنى رتبة من Osiris Red (Slifer Red)، لكنه يواصل اختبار مهاراته ضد الطلاب وأعضاء هيئة التدريس لإثبات قيمته كمبارز وكسب احترام الجميع من حوله.