يجد “أليكس” و”مارتي” وحيوانات أخرى في حديقة الحيوان طريقة للهروب من “مدغشقر” عندما تعيد طيور البطريق تجميع الطائرة المحطمة. تبقى المركبة التي تم إصلاحها بشكل غير مستقر في الجو لفترة كافية للوصول إلى القارة الأفريقية. هناك يواجه سكان نيويورك أفرادًا من جنسهم للمرة الأولى. يتبين أن أفريقيا مكان بري، لكن “أليكس” ورفاقه يتساءلون عما إذا كان هذا المكان أفضل من منزلهم في “سنترال بارك”.