تتزايد أعداد المقاومة عندما يتم تحرير البشر من الماتريكس وإحضارهم إلى مدينة صهيون. يكتشف نيو قواه الخارقة، بما في ذلك القدرة على رؤية الكود داخل الماتريكس. مع قيام حراس الآلات بالحفر للوصول إلى “زيون” خلال 72 ساعة، يجب على “نيو” و”مورفيوس” و”ترينيتي” العثور على صانع المفاتيح للوصول إلى المصدر في النهاية.