بعد هجوم غودزيلا السابق، بدأ سباق تسلح مصغر لجمع خلاياه. خوفًا من عودة غودزيلا المحتملة، تستخدم الحكومة اليابانية الخلايا لإنشاء سلاح حيوي جديد، ANEB (بكتيريا الطاقة النووية المضادة). إنهم يطلبون المساعدة من عالم الوراثة جينشيرو شيراجامي، الذي أدت تجاربه إلى طفرة جديدة.